В 7 лет его отдают учиться в деревенское медресе, через некоторое время его отправляют учиться в медресе соседней деревни Чыршылы.

В 1867—1868 гг.Ризаэтдин Фахретдинов учился в медресе при 1-й мечети Чистополя у выдающегося суфия шейха Закира-ишана Камалова.В 1869—1889 гг.Фахретдинов учился и преподавал в медресе деревни Нижние Шельчелы. 

В годы учебы Ризаэтдин находился под влиянием Шигабетдина Марджани.Чтобы познакомится и поближе узнать выдающегося ученого-просветителя Шигабетдина Марджани, в 1886 году Ризаэтдин приезжает в Казань. 

В 1887 году он успешно выдерживает испытания на должность имама.Слава о молодом талантливом наставнике из Кичучата разлетелась по всему краю.В июле 1889 г.общество деревни Ильбак Бугульминского уезда пригласило Р.Фахретдинова на должность местного имама и мударриса. В мечети этого селения Ризаитдин служил по февраль 1891 г. 

В январе 1891 года Р.Фахретдина вызывают на место члена (кади) Духовного собрания и он с семьёй выезжает из Кичучата в Уфу.

Риза Фахретдин, в истории татарской общественной мысли и культуры известен как пропагандист научных знаний, истории, литературы и культуры, философии и истории, светских знаний и как ученый-богослов, призывающий к рационалистскому мышлению.

1922 избран муфтием ЦДУМ Внутренней России и Сибири.В 1927 году ЦДУМ объединил исторически максимальное число приходов — 14 825.Но уже к маю 1930 года более 10 000 мечетей было закрыто, от 90 до 97 % мулл и муэдзинов были лишены возможности исполнять свои обязанности.

Фахретдинов протестовал против закрытия мечетей, арестов и уничтожения религиозных библиотек.Часть литературы ему все-таки удалось спасти в архиве ЦДУМ. Большую часть своих рукописей он передает в архив Ленинградского отделения востоковедения Академии наук СССР, где они по сей день хранятся.

Закончил свой творческий и жизненный путь на посту муфтия России и Сибири в 1936 году в городе Уфа, не дожив несколько месяцев до массовых арестов руководства Духовного управления. Похоронен на мусульманском кладбище в Уфе.